مقاله طبقه بندی و تنوع بیان ژن های دی هیدرین گندم (2014 الزویر)

1. مقدمه

2. مواد و روش ها

2.1. مواد گیاهی، شرایط رشد، و درمان

2.2 استخراج RNA، سنتز cDNA رشته- اول و PCR

2.3. استخراج پایگاه داده برچسب های توالی بیان شده (dbEST) و در تجزیه و تحلیل شبیه سازی کامپیوتری

.2.4 فریم های باز خواندن (ژن رمز گردان (ORFها)) و پیش بینی حوزه دی هیدرین

.2.5 همراستایی چند دنباله و ساخت درخت فیلوژنتیک

3. نتایج

3.1. شناسایی DHNs گندم

3.2. مقایسه خانواده DHN بین گندم و سایر غلات

.3.3 تکامل دی هیدرین گندم

.3.4 تنوع بیان خوشه های DHNگندم.

3.4.1 تجزیه و تحلیل شبیه سازی کامپیوتری

3.4.2. تجزیه و تحلیل نیمه کمیتی RT-PCR

.4 بحث و گفتگو

4.1. خانواده DHNگندم

.4.2 تنوع بیان دی هیدرین گندم

.4.3 سیگنال های تنش فرضی در تنظیم بیان DHN گندم

Dehydrins (DHNs) are late embryonic abundant proteins characterized by the dehydrin domains that are involved in plant abiotic stress tolerance. In this study, fifty-four wheat DHN unigenes were identified in the expressed sequence tags database. These genes encode seven types of dehydrins (KS, SK3, YSK2, Y2SK2, Kn, Y2SK3, and YSK3) and separate in 32 homologous clusters. The gene amplification differed among the dehydrin types, and members of the YSK2- and Kn-type DHNs are more numerous in wheat than in other cereals. The relative expression of all of these DHN clusters was analyzed using an in silico method in seven tissue types (i.e. normal growing shoots, roots, and reproductive tissues; developing and germinating seeds; drought- and cold-stressed shoots) as well as semi-quantitative reverse transcription polymerase chain reaction in seedling leaves and roots treated by dehydration, cold, and salt, respectively. The role of the ABA pathway in wheat DHN expression regulation was analyzed. Transcripts of certain types of DHNs accumulated specifically according to tissue type and treatment, which suggests their differentiated roles in wheat abiotic stress tolerance.

دی هیدرین ها (DHNs)، پروتئین های فراوان جنینی اخیر است که توسط حوزه های دی هیدرین مشخص می شود که به تحمل گیاه در برابر تنش غیرزنده مرتبط هستند. در این مطالعه، پنجاه و چهار ژن تک DHN گندم در پایگاه داده برچسب های دنباله بیان شده شناسایی شدند. این ژن ها، هفت نوع دی هیدرین ها را کدگذاری می نمایند (KS, SK3, YSK2, Y2SK2, Kn, Y2SK3, and YSK3) و به 32 خوشه همولوگ جداسازی می شوند. تقویت ژن در میان انواع دی هیدرین متفاوت بود و اعضای DHNs نوع YSK2 و نوع Kn- در گندم نسبت به دیگر غلات و حبوبات متعدد تر بود. و بیان نسبی همه این خوشه های DHN با استفاده از یک روش شبیه سازی کامپیوتری در هفت نوع بافت (یعنی ساقه های در حال رشد نرمال و بافت های مولد؛ توسعه و جوانه زدن بذرها، ساقه های تشنه و تحت تنش سرما) و واکنش زنجیره پلیمراز رونویسی معکوس نیمه-کمی در برگ های نهال و ریشه های تحت درمان به ترتیب با از دست دادن آب، سرما، و نمک مورد تجزیه تحلیل قرار گرفت. نقش مسیر ABA در تنظیم بیان DHN گندم مورد تجزیه تحلیل قرار گرفت. رونوشت های انواع خاصی از DHNs به طور خاص با توجه به نوع بافت و درمان انباشته می شوند که نشان دهنده نقش های متفاوت آنها را در تحمل تنش غیر زنده گندم است.