مقاله تنوع ژنتیکی Pyricularia grisea، عامل ایجاد بلاست برنج توسط SRR (سال 2015 Semantic Scholar)

مقدمه

مواد و روش ها

جمع آوری و کشت جدایه های قارچی

بررسی و شناسایی جدایه های قارچی

تجزیه و تحلیل مولکولی. استخراج DNA

رقیق سازی DNA ژنومی استخراج شده

تکثیر PCR آلل ها در لوکوس SSR

تجزیه و تحلیل داده ها

نتایج و بحث

نتیجه گیری

Pyricularia grisea, the rice blast fungus is the main pathological threats to rice crop in Iran and worldwide. In this research was evaluated the genetic diversity of P. grisea collected from different fields of Guilan province by using of 14 microsatellite primers. These primers produced 64 polymorphic bands by an average of 4.57 bands for each marker. An average of polymorphic information content in whole primers was 0.734, an average of effective number of alleles was 2.68, an average of Nei’s expected heterozygosity was 0.734 and an average of Shannon’s information index was 1.05. Primer SSR43,44 had the most polymorphic information content (PIC = 0.85), observed number of alleles (na = 8), effective number of alleles (ne = 3.76), Nei’s expected heterozygosity (Ne = 0.861) and Shannon’s information index (I = 1.38). This marker was the best primer between 14 used primers for evaluation the genetic diversity of P. grisea. Cluster analysis was done with simple matching similarity matrix and UPGMA method. The results showed that the studied isolates were classified into 3 lineages by cutting off the dendrogram at 0.76 similar linkage level. Number 1 was the major group and represented most of those isolates. Results of principal coordinate analysis also divided the isolates into three groups exactly similar to obtained with cluster analysis. Overall, our results confirmed that microsatellite primers were good and suitable markers for analyzing structure of P. grisea.

Pyricularia grisea، قارچ بلاست برنج، تهدید اصلی آسیب به برنج در ایران و در سراسر جهان است. در اين تحقيق، تنوع ژنتيکي P. grisea جمع آوري شده از مزارع مختلف استان گيلان با استفاده از 14 آغازگر ريزماهواره مورد ارزيابي قرار گرفت. این پرایمرها 64 باند پلی مورفیکی، با میانگین 57/4 باند برای هر نشانگر تولید می کنند. میانگین محتوای اطلاعات پلی مورفیک در تمام پرایمرها 734/0 بود، میانگین تعداد آلل ها 68/2، میانگین هتروزيگوسيتي نی 7334/0 و میانگین شاخص اطلاعات شانون 05/1 بود. آغازگر SSR43،44 داراي بيشترين اطلاعات پلي مورفيک (PIC = 0.85)، تعداد آلل مشاهده شده (n = 8)، تعداد موثر آلل ها (ne = 3.76)، هتروزيگوسيتي مورد انتظار نی (Ne = 0.861)، شاخص اطلاعات شانون (I = 1.38) بود. این نشانگر بهترین آغازگر بین 14 آغازگر مورد استفاده در ارزیابی تنوع ژنتیکی P. grisea بود. تجزیه و تحلیل خوشه ای با استفاده از ماتریس شباهت تطابق ساده و UPGMA انجام شد. نتايج نشان داد که جدايه هاي مطالعه شده از طريق برش دندروگرام در سطح پیوند مشابه 76/0، در 3 دسته طبقه بندي شدند. شماره 1 گروه اصلی و نشان-دهنده ی بیشتر این جدایه ها بود. نتایج تجزیه و تحلیل مختصات اصلی نیز جداسازی ها را به سه گروه تقسیم می-کنند که دقیقا مشابه با تجزیه خوشه ای است. به طور كلي، نتايج ما نشان داد كه آغازگرهای ريزماهواره به عنوان نشانگرهاي خوب و مناسب براي تجزيه و تحليل ساختار P. grisea هستند.