مقاله نگاشت حوزه های DNA و اتصال- روی در ASR1 (یک پروتئین رسیدن با تنش اسید ابسیزیک)، یک پروتئین خاص گیاهی تنظیم شده تنش ابیوتیک (2006 الزویر)

1. مقدمه

2. مواد و روش ها

2. 1. مواد گیاهی و استخراج پروتئین های برگ

2.2. ساخت جهش یافته های حذف

2.3. بروز و خالص سازی ASR1 و پروتئین های مشتق شده

2.4. آبکافت اسید ملایم

2.5. اتصال DNA

2. 6. حركت‌ ذرات‌ معلق‌ پروتئین بوسيله‌ نيروي‌ برق‌

2.7. وسترن بلات (یکی از تکنیک ها و روش های تشخیص پروتئین ها)

2.8. تجزیه پروتئین ها

2.9. MALDI-TOF-MS

3. نتایج

3. 1. نگاشت حوزه فعالیت اتصال DNA از ASR1

3.2. اتصال Zn2+ توسط ASR1

3.3. اتصال-روی باعث تغییرات انطباقی می شود

3. 4. نگاشت حوزه اتصال-روی

4. بررسی

Abscisic acid stress ripening (ASR1) is a highly charged low molecular weight plant specific protein that is regulated by salt- and waterstresses. The protein possesses a zinc-dependent DNA-binding activity (Kalifa et al., Biochem. J. 381 (2004) 373) and overexpression in transgenic plants results in an increased salt-tolerance (Kalifa et al., Plant Cell Environ. 27 (2004) 1459). There are no structure homologs of ASR1, thus the structural and functional domains of the protein cannot be predicted. Here, we map the protein domains involved in the binding of Zn2+ and DNA. Using mild acid hydrolysis, and a series of ASR1 carboxy-terminal truncations we show that the zinc-dependent DNA-binding could be mapped to the central/carboxy-terminal domain. In addition, using MALDI-TOF-MS with a non-acidic matrix, we show that two zinc ions are bound to the amino-terminal domain. Other zinc ion(s) bind the DNA-binding domain. Binding of zinc to ASR1 induces conformational changes resulting in a decreased sensitivity to proteases.

پروتئین رسیدن با تنش اسید آبسسیزیک (ASR1) یک پروتئین خاص گیاهی با وزن مولکولی بالا و بار الکتریکی بالا است که توسط تنش های نمک و آب کنترل می شود. این پروتئین دارای فعالیت اتصال DNA وابسته به روی (Kalifa و همکاران، Biochem. J 381 (2004) 373) است و بروز بالا در نتایج گیاهان تراریخت به تحمل-(تنش) نمک افزایش یافته منجر می شود (Kalifa et al., Plant Cell Environ. 27 (2004) 1459). هیچ همتای ساختار ASR1 وجود ندارد، در نتیجه حوزه های ساختاری و عملکردی این پروتئین قابل پیش بینی نیست. در اینجا، ما از حوزه های پروتئین درگیر در اتصال و DNA نگاشت می نماییم. با استفاده از آبکافت ملایم اسیدی، و یک سری کوتاه کردن ترمینال-کربوکسی های ASR1 ، ما نشان می دهیم که اتصال DNA وابسته به روی می تواند به حوزه ترمینال -کربوکسی / مرکزی نگاشت شود. علاوه بر این، با استفاده از MALDI-TOF-MS با یک ماتریس غیر اسیدی، ما نشان می دهیم که دو یون روی به حوزه ترمینال-آمینو محدود می شوند. دیگر (های) یون روی به حوزه اتصال DNA متصل می شوند. اتصال روی به ASR1 باعث تغییرات انطباقی می شود و در نتیجه به حساسیت کاهش یافته به پروتئازها منجر می شود.