مقاله مقایسه روش های استخراج مستقیم DNA میکروبی از خاک های مختلف شالیزار (2012 الزویر)

1- مقدمه

2- مواد و روش ها

2-1- جمع آوری نمونه

2-2- استخراج DNA خاک

2-3- ارزیابی کیفیت و کمیت DNA

2-4- خالص سازی DNA

2-5- تجزیه و تحلیل های آماری

3- نتایج و بحث

4- نتیجه گیری

Molecular analyses for the study of soil microbial communities often depend on the direct extraction of DNA from soils. The present work compares the effectiveness of three different methods of extracting microbial DNA from seven different paddy soils. Comparison among different DNA extraction methods against different paddy soil samples revealed a marked variation in DNA yields from 3.18–20.17 μg DNA/g of dry soil. However, irrespective of the soil samples and extraction methods the DNA fragment size was >10 kb. Among the methods evaluated, method-C (chemical–enzymatic–mechanical) had better cell lysis efficiency and DNA yield. After purification of crude DNA by Purification Kit, A260/A230 and A260/A280 ratios of the DNA obtained by method-C reached up to 2.27 and 1.89, respectively, sustaining the efficacy of this technique in removing humic acid, protein and other contaminants. Results of the comprehensive evaluation of DNA extraction methods suggest that method-C is superior to other two methods (chemical–enzymatic and chemical–mechanical), and was the best choice for extraction of total DNA from soil samples. Since soil type and microbial community characteristics influence DNA recovery, this study provides guidance for choosing appropriate extraction and purification methods according to experimental goals.

آنالیزهای مولکولی برای مطالعه جمعیت های میکروبی خاک اغلب به استخراج مستقیم DNA از خاک ها بستگی دارد. مطالعه حاضر کارایی سه روش مختلف استخراج DNA میکروبی را از هفت خاک متفاوت شالیزار مقایسه می کند. مقایسه بین روش های مختلف استخراج DNA در مورد نمونه های مختلف خاک شالیزار، در محصول DNA اختلاف مشخصی را از 18/3-17/20 نشان داد. مقایسه بین روش های مختلف استخراج DNA در نمونه های مختلف خاک شالیزار نشان دهنده اختلاف قابل ملاحظه ای در محصول DNA از 18/3- 17/20 میکروگرم DNA/ گرم از خاک خشک است. اگرچه صرف نظر از نمونه های خاک و روش های استخراج، اندازه قطعه DNA بیشتر از 10 kb بود. دز بین روش های ارزیابی شده، روش C (شیمیایی- آنزیمی- مکانیکی) کارایی استخراج سلول و محصول DNA بهتری داشت. پس از خالص سازی DNA خام توسط کیت خالص سازی، نسبت A260 /A230 و A260/A280 DNA به دست آمده از طریق روش C به ترتیب به 27/2 و 89/1 رسید که کارایی این تکنیک در حذف هیومیک اسید، پروتئین و سایر آلودگی ها را نشان می دهد. نتایج ارزیابی جامع روش های استخراج DNA پیشنهاد کرد که روش C بهتر از دو روش دیگر (شیمیایی- آنزیمی و شیمیایی-مکانیکی) بوده و بهترین انتخاب برای استخراج کل DNA از نمونه های خاک بود. از آنجایی که نوع خاک و خصوصیات جامعه میکروبی روی بازیابی DNA تاثیر می-گذارند، این بررسی راهنمایی را برای انتخاب روش های مناسب استخراج و خالص سازی بر اساس اهداف آزمایشی فراهم کرد.