مقاله تنوع نوکلئوتیدها در منطقه ATHK1 آرابیدوپسیس تالیانا (گیاه مین یاب) و مطالعه ارتباط آن با تحمل خشکی (2008 Academic Journals)
| عنوان فارسی مقاله | تنوع نوکلئوتیدها در منطقه ATHK1 آرابیدوپسیس تالیانا (گیاه مین یاب) و مطالعه ارتباط آن با تحمل خشکی |
| عنوان انگلیسی مقاله | Nucleotide variation in ATHK1 region of Arabidopsis thaliana and its association study with drought tolerance |
| فهرست مطالب | چکیده
پیشگفتار مواد و روش‌ها مواد گیاه سنجش محتوای نسبی آب برگ ها (RWC) سنجش نفوذپذیری غشا (MP) سنجش کارایی مصرف آب (WUE) سنجش ظرفیت نگهداری آب برگ‌های جدا شده (WRC) سنجش محتوای ABA تجزیه و تحلیل تحمل کامل خشکسالی انتخاب شاخص نماینده تحمل کامل خشکسالی استخراج (عصاره) DNA طراحی و آزمایش اولیه ATHK1 تقویت PCR توالی DNA تجزیه و تحلیل توالی تجزیه و تحلیل ارتباطی نتایج تجزیه و تحلیل تحمل کامل خشکسالی پلی‌مورفیسم‌های DNA در لوکوس ATHK1 ارتباط بین پلی‌مورفیسم‌ها در منطقه کدگذاری ATHK1 و تحمل کامل خشکسالی بحث |
| بخشی از متن مقاله انگلیسی | The ATHK1 gene in Arabidopsis encodes a putative histidine kinase that is transcriptionally upregulated in response to changes in external osmolarity. In this work, we investigated the nucleotide variability of the ATHK1 gene in a sample of 32 core Arabidopsis accessions originating from different ecoclimatic regions and their drought tolerance. The results showed that different accessions had quite difference in adaptation to drought stress. Thirty-two Arabidopsis accessions were clustered into four groups according to their drought tolerance capacity. Relative water content of the leaves (RWC) combined anyone of membrane permeability of leaves (MP) and water retain capacity of detached leaves (WRC) were selected as two representative physiological indexes for evaluation of comprehensive drought tolerance. Sequencing 5 515 bp encompassing ATHK1 coding region in 32 core accessions revealed 39 polymorphisms, which formed 24 haplotypes. The polymorphism (including single nucleotide polymorphism (SNP) and insertion/deletion (Indel)) frequency was 1 SNP per 131.2 bp. In coding region of ATHK1, the ratio of average number of nucleotide difference πn/πs ratio was 0.727, suggesting that the ATHK1 protein is not constrained against amino acid changes within the species and this gene belonged to the middle evolution rate gene. Using ANOVA analysis, it showed that the 1199 site amino acid (Serstop) variation of the eleventh haplotype (257 and 266av) was associated with not only RWC but also WRC, indicating that the change of Serstop is associated with comprehensive drought tolerance of 257 and 266av. This amino acid change may cause 257 and 266 av accessions originating from moist ecoclimatic region to be sensitive to dry climate, and likely be the evidence of adaptive evolution. |
| ترجمه بخشی از متن مقاله |
ژن ATHK1 در آرابیدوپسیس، یکی از هستیدین کینازهای معروف را رمزگذاری می‌کند که در واکنش به تغییرات اسمولاریسم خارجی از لحاظ رونویسی تنظیم می‌شود. در این کار، تغییرپذیری نوکلئوتیدی ژن ATHK1 در نمونه‌ای از 32 گونه آرابیدوپسیس هسته‌ای سرچشمه یافته از مناطق مختلف آکوکلیماتیک و تحمل آن‌ها در برابر خشکی را مورد بررسی قرار می‌دهیم. نتایج نشان می‌دهند که گونه‌های مختلف دارای تفاوت زیادی در تطبیق با تنش خشکی بودند. 32 گونه آرابیدوپسیس در چهار گروه طبق ظرفیت تحمل آن‌ها در برابر خشکی خوشه‌بندی شدند. محتوی نسبی آب برگ‌ها (RWC) در ترکیب با هر کدام از نفوذپذیری غشاء برگ‌ها (MP) و ظرفیت نگهداری آب برگ‌های جدا شده (WRC) به عنوان دو شاخص فیزیولوژیکی نماینده برای ارزیابی تحمل کامل در برابر خشکی انتخاب شدند. توالی 5 515 bp در منطقه کدگذاری ATHK1 در 32 گونه اصلی، 39 پلی مورفیسم را آشکار کرد که 24 هپلوتیپ را تشکیل می‌دادند. فرکانس پلی‌مورفیسم (شامل پلی‌مورفیسم تک نوکلئوتیدی (SNP) و درج/حذف (Indel)) برابر با 1 SNP در هر 131.2 bp بود. در منطقه کدگذاری ATHK1، نسبت میانگین تعداد نسبت اختلاف نوکلئوتیدی πn/π برابر با 0.726 بود که نشان دهنده این است که پروتئین ATHK1، در برابر تغییرات آمینو اسید در محدوده این گونه‌ها و این ژن متعلق به ژن نرخ تکامل میانی، محدود نمی‌شود. با استفاده از تجزیه و تحلیل ANOVA، نشان داده شد که تغییر آمینواسید محل 1199 (Ser↔stop ) یازدهمین هپلوتیپ (257 و 266av) نه تنها به RWC بلکه همچنین به WRC مربوط بود، که نشان دهنده این است که تغییر Ser↔stop، مربوط به تحمل کامل خشکی 257 و 266av است. این تغییر آمینواسید ممکن است موجب حساسیت گونه‌های 257 و 266av ناشی از منطقه اکوکلیماتیک مرطوب به آب و هوای خشک شود و احتمالا شواهدی از تکامل انطباقی باشد. |
| سال انتشار | 2008 |
| ناشر | Academic Journals |
| مجله | مجله آفریقایی بیوتکنولوژی – African Journal of Biotechnology |
| کلمات کلیدی | آرابیدوپسیس، ATHK1، تغییر نوکلئوتیدی، تحمل خشکی، مطالعه ارتباطی |
| تعداد صفحات مقاله انگلیسی | 10 |
| تعداد صفحات ترجمه مقاله | 19 |
| مناسب برای رشته | زیست شناسی و کشاورزی |
| مناسب برای گرایش | ژنتیک، علوم سلولی و مولکولی، علوم گیاهی، فیزیولوژی گیاهان زراعتی |
| دانلود رایگان مقاله انگلیسی | ○ دانلود رایگان مقاله انگلیسی با فرمت pdf |
| خرید ترجمه فارسی | ○ خرید ترجمه آماده این مقاله با فرمت ورد |
| سایر مقالات این رشته | ○ مشاهده سایر مقالات رشته زیست شناسی |
